Ekstrakurikuler adalah kegiatan non-akademik yang bertujuan untuk mengembangkan minat, bakat, dan keterampilan siswa di luar mata pelajaran wajib. Kegiatan ini sangat penting karena tidak hanya mengisi waktu luang, tetapi juga memberikan banyak manfaat yang bisa menunjang masa depan siswa, baik di dunia kerja maupun di jenjang pendidikan yang lebih tinggi.

Di SMK Negeri 2 Ende, terdapat beberapa Ekstrakurikuler yaitu :

• Pramuka
• Kesenian (Seni Tari & Seni Suara)
• Futsal / Sepak Bola
• Bola Volly
• Peraturan Baris Berbaris (PBB).